Los orígenes de la Universidad Nacional de Córdoba se remontan al primer cuarto del siglo XVII, cuando los jesuitas abrieron el Colegio Máximo, donde sus alumnos, en particular los religiosos de esa orden, recibían clases de filosofía y teología. Este establecimiento, de elevada categoría intelectual, fue la base de la futura Universidad. Bajo la tutela de los jesuitas y el impulso del Obispo Juan Fernando de Trejo y Sanabria, en 1613, aunque no estaba autorizado para otorgar grados, se iniciaron los Estudios Superiores en el Colegio Máximo de Córdoba. El Breve Apostólico del Papa Gregorio XV, fechado el 8 de agosto de 1621, otorgó al Colegio Máximo la facultad de conferir grados, lo que fue ratificado por el monarca Felipe IV a través de la Real Cédula del 2 de febrero de 1622. A mediados de abril de ese año, el documento llegó a Córdoba y el Provincial de la Compañía, Pedro de Oñate, con el acuerdo de los catedráticos, declaró inaugurada la Universidad. Oñate redactó el reglamento del organismo, cuyos títulos tenían validez oficial. Con el nacimiento de la Universidad Nacional de Córdoba, familiarmente llamada Casa de Trejo, comenzó la historia de la educación superior en la República Argentina. Las autoridades universitarias en la época jesuítica prestaron atención al archivo. Tan es así, que en las primeras Constituciones que dio el R. P. Andrés de Rada en el año 1664, la Constitución segunda trata la organización del archivo. Esta Constitución dio la norma de la formación del Archivo relacionado con la fundación, organización y actividades docentes. Cuando fueron expulsados los jesuitas, se dispuso llevar a Buenos Aires, entre otras cosas, los papeles de diferente naturaleza pertenecientes al Colegio, que pasaron a la custodia de la Junta Municipal y Provincial de Temporalidades. En el año 1771 el Rector de la Universidad, Fray Pedro Nicolás Barrientos pidió a la Junta la devolución de todos “los papeles, escrituras, Cédulas y Bulas Apostólicas o cualquier otros instrumentos… que perteneciera al Archivo de la Universidad”. Efectivamente, varios documentos volvieron a Córdoba. En el año 1824 el Archivo se situó en la sala del Claustro de donde no podrían sacarse papeles ni libros sin orden del rector, cláusula que fue confirmada en la Constitución provisoria del año 1857. Esta Constitución dispuso que el Archivo corriera a cargo del Secretario de la Universidad. Los Estatutos de la Universidad del año 1886 pusieron el Archivo bajo el cargo del Pro-Secretario de la Universidad, función confirmada en los Estatutos reformados de 1891, nuevamente reformados en 1918 y en los Estatutos de 1925. Desde el principio de la formación del Archivo de la Universidad, no se depositaba en él la documentación contable, la cual se guarda en el Archivo de la Dirección de Administración.